選手変更などで対応できずに不出場の場合は対戦校の不戦勝になる。主催担当者は「総合的に判断しました。チャンピオンチームの扱いがある。準優勝校が3週間くらい練習することになるのもどうなのか。そういった議論もありました」と説明した。3月のセンバツは開幕前まで補欠校の代替出場を可能とした。不測の事態で不戦勝なら、春夏の甲子園で史上初になる。

また、地方大会のブラスバンド入場に関するガイドラインも策定。50人以内とし、感染状況などから可否を主催者が判断する。球場での生演奏が復活なら19年以来、2年ぶりになる。甲子園でのブラスバンド入場については「地方大会の例を1つ1つ見る。状況を見極めながら決めていく」と説明した。有観客での開催可否については「状況を慎重に見極めている段階です」と話した。また、甲子園練習の中止、ドリームシートの中止、アルプス席入場は学校関係者のみ、組み合わせ抽選のオンライン開催検討などを審議で決めた。