2016年は10月20日（木）午後５時から、東京・港区のグランドプリンスホテル新高輪「国際館パミール」で、高校、大学・社会人を一括して開催される。なお会議の模様はＴＢＳ系列、スカイＡ、ラジオのニッポン放送で放送される予定。
指名方法
１巡目は入札制で行う。単独指名の場合は選択確定。重複した場合は抽選（クジ引き）となる。外れた球団は再度入札し、重複した場合は再度抽選して決める。全球団の１巡目が確定するまで行う。２巡目以降はウエーバー方式で行う。全球団が選択終了となるか、指名選手が合計120人に達したところで終了。国内の独立リーグ所属選手や外国のプロ野球選手は、その人数に含まない。選択することができる新人選手の数は、原則として１球団10人以内。ただし、他球団がすべて選択を終了して全12球団合計で120人に満たない場合は、最大120人に達するまで１１人以上の選択をすることができる。
また、新人選手選択会議を終了した時点で選択された選手が合計120人に達していない場合、引き続き希望球団参加による「育成選手選択会議」を行う。
ウエーバー順
２巡目以降のウエーバー順優先権はパ・リーグ。セ・パ交流戦で勝ち越したパ・リーグに優先権が与えられた。今季レギュラーシーズン順位の逆順に基づき、パの最下位チーム、セの最下位チーム、パ５位、セ５位…パ１位、セ１位の順で指名。３巡目はその逆順。以後交互に折り返して指名する。
