コース

6区（芦ノ湖〜小田原）20.8km

芦ノ湖畔から小田原中継所。午前８時に往路のゴール順にスタート。往路優勝校との差が１０分以上のチームは同１０分に一斉スタートする。５区とは逆に序盤４キロの上りを過ぎると、山を駆け下り続ける過酷なコース。ゴール前３キロはほぼ平たん。５区と同様、ルートが変わり１５年からの記録が新規記録。区間記録は５８分３１秒（２０１５年＝早大・三浦雅裕）。参考記録は５８分１１秒（２０１１年＝駒大・千葉健太）